1925年，余云岫受邀参加远东热带病学会议。
在会上，他以实际案例证明中医在某些疾病的诊断和治疗方面具有独特优势。
指出，唐代医书《崔氏别录》中关于瘰疬与肺痨的记载，比西方医学早了一千多年，这一观点引起了与会专家的极大兴趣。
这时候他像是重新认可的中医。
但是在同年，中国教育界先后在长沙、太原召开会议，通过了相关议案，决定将中医纳入学校体制中。
此事报请教育部批准时，余云岫却突然杀出，联合多人上书教育部，坚决抵制。
当时教育部以此为借口，断然拒绝了中医进入大学学科体系的要求。
中医界多年努力功亏一篑，此后中西医界之关系迅速恶化，两大阵营间水火之势渐成。
真正让他为众人所熟知的，是在几年后的一次会议上。
民国十八年召开第一届中央卫生委员会会议，在会议前，余云岫就起草了《废止旧医以扫除卫生事业障碍案》。
余云岫对废止中医之理由、原则及具体办法作了明确规定，他认为中医在卫生行政上毫无地位，应当立即废止。
其举出四条废止的理由，这四条理由余氏之结论为：“旧医一日不除，民众思想一日不变，新医事业一日不向上，卫生行政一日不能进展。”
大会上当时在场讨论了这一议题，除医学外行次长和两个参事抱有怀疑态度外，其余人员更是满场一致通过。
值得一提的是，此次会议上没有一个中医人士参加。
随后在2月26号沪上《新闻报》首先将此事公之于众，几天后，余云岫主编的《社会医报》出版中央卫生委员会特刊公布。
此案一出，各界震动。
当时全国中医人士哗然而起，群情激愤。
无数南北中医世家，众多中医馆医师，或走上街头抗议，或来到报社前静坐。
有名的中医，还有社会各界人士，都开始陆续在报纸上为中医发声。
中医界开始在沪上《新闻报》、《申报》、《时事新报》上发表在沪上召开全国医药团体大会之通告、通电。
这些报社也陆续发表社评，跟踪报道中医界抗议集会动向，并给予舆论支持。
有了舆论界之支持和响应，中医界举行的各种抗议集会及反对废止中医案的文电接连在各大报刊上发表，形成了声势浩大之舆论攻势。
当时，国民政府内部对中医存废问题意见并不统一。
其中以汪精卫、褚民谊为代表之部分政要